Celem projektu 'System sygnalizacji ostrzegawczej o niebezpiecznych zjawiskach meteorologicznych na Jeziorach Mazurskich' jest zwiększenie bezpieczeństwa osób przebywających na Wielkich Jeziorach Mazurskich, poprzez  wprowadzenie automatycznego systemu powiadamiania o niebezpiecznych  zjawiskach meteorologicznych. Polegać ma on na włączaniu w przypadku  wystąpienia zagrożenia pogodowego, pulsujących świateł widocznych z każdego  punktu na szlaku. O możliwości wystąpienia niebezpiecznych zjawisk żeglarze  będą informowani 40 błyskami lamp na minutę, które będą oznaczały komunikat  'UWAGA - możliwość nadejścia niebezpiecznych zjawisk meteorologicznych'.  Przy bezpośrednim niebezpieczeństwie częstotliwość wysyłanych błysków  wzrosłaby do 90 na minutę.

Prace nad projektem RZGW w Warszawie rozpoczęło z końcem 2008 r. Na zlecenie  Regionalnego Zarządu, Politechnika Gdańska opracowała wówczas dokument  podstawowy dla przedsięwzięcia, składający się z trzech części:
1. Koncepcji  i budowy działania;
2. Raportu z wizji lokalnej
3. Wstępnego projektu  systemu sygnalizacji świetlnej.

Pierwotny projekt zakładał usytuowanie na różnych odcinkach Szlaku 16 masztów z modułami sygnalizacyjnymi. W dniach od 16 do 30 kwietnia 2009 r.,  na jeziorze Niegocin w Giżycku, RZGW w Warszawie przeprowadził testy prototypu urządzenia powiadamiającego (czytaj więcej...). Lampy były testowane zarówno w dzień,  jak i w nocy. Na podstawie wyników testów ustalono, iż liczba lamp zamontowanych na głowicy powinna być zwiększona, w celu zapewnienia dostatecznej widoczności sygnału na całym Szlaku Wielkich Jezior. (zobacz filmik nowy system ostrzegania w praktyce)
Podjęto także decyzję o zwiększeniu liczby masztów do 17 sztuk oraz posadowieniu ich  w następujących miejscach:

1.    Skłodowo (jezioro Mamry),
2.    Ogonki (jezioro Święcajty),
3.    Miasto Ryn,
4.    Łupki (jezioro Roś),
5.    Mikołajki (jezioro Mikołajskie),
6.    Kępa Grajewska - wyspa na jeziorze Niegocin,
7.    Jezioro Kisajno przy wejściu do portu Almatur m. Giżycko,
8.    Wysoki Róg, m. Kamionki,
9.    Jezioro Jagodne (wyspa),
10.  Bogaczewo (jezioro Boczne),
11.  Śniardwy Północ (jezioro Śniardwy),
12.  Nowe Guty (jezioro Śniardwy),
13.  Niedźwiedzi Róg (jezioro Śniardwy),
14.  Bełdany (jezioro Bełdany),
15.  Węgorzewo przy Kanale Węgorzewskim, przy wejściu z jeziora Mamry do rzeki Węgorapy,
16.  Wejście Kanału Jeglińskiego - wejście z jeziora Seksty do Kanału Jeglińskiego,
17.  Kanał Tałteński (Tałcki) u ujścia kanału do jeziora Tałty.

Ponadto, w roku 2009 przeprowadzono ekspertyzę stanu technicznego istniejących wież, na których planowany był montaż głowic sygnalizacyjnych.  Z uwagi na ich niedostateczny stan techniczny, podjęto decyzję o budowie 14  nowych masztów oraz remoncie 3 istniejących.
Zrezygnowano także z  konstrukcji kratowej, zastępując je okrągłymi wieżami (strunobeton) o wysokości od 15 do  25 metrów (w zależności od miejsca lokalizacji). Rurowa konstrukcja zdaniem projektantów utrudni także ewentualną dewastację lub kradzież elementów świetlnych  systemu. (zobacz fotorelację z budowy masztu na wyspie Grajewska Kępa na jez. Niegocin...)

Po przeprowadzeniu szeregu analiz oraz biorąc pod uwagę wyniki testów i ekspertyz, RZGW w Warszawie ogłosił przetarg na wykonanie masztów wraz z fundamentami, wykonanie głowic sygnalizacyjnych oraz opracowanie powiadamiającego systemu informatycznego (software i hardware).

Aktualnie trwają prace nad posadowieniem masztów. Dotychczas wybudowano 4 wieże (Ryn, Almatur, Ogonki, Skłodowo) oraz wykonano i odebrano wszystkie głowice sygnalizacyjne. Wszystkie prace postępują zgodnie z przyjętym harmonogramem. Uruchomienie systemu planowane jest w połowie 2011 roku.

Koszt inwestycji wynosi około 5,2 mln zł. Środki na ten cel zostały pozyskane z Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej.